En 1982, UNESCO, a petición del gobierno egipcio, hizo una campaña para construir el Museo de Nubia en Asuán y el Museo Nacional de la Civilización Egipcia en El Cairo.
En 1999, buscaron un sitio adecuado cerca de la Fustat (primera capital árabe en Egipto), parte de El Cairo Viejo, con vistas a la terma de "Ain Al Sira". La primera piedra se colocó en 2002 para hacer de él uno de los museos más grandes e importantes del país, dedicado a las civilizaciones más antiguas y prehistóricas.
En 2017, el director de la Universidad Americana en El Cairo donó 5.000 piezas a este museo. En febrero de ese mismo año, el Museo Nacional de la Civilización Egipcia se abrió parcialmente, solo la sala de exposiciones temporales de 1.000 metros, una exposición titulada "Artesanías e industrias egipcias a través de las edades", con objeto de mostrar el desarrollo de: la cerámica, tejido, carpintería, y adornos.
El día 3 de abril de 2021, 22 momias de 18 faraones y 4 reinas fueron transportadas al museo, en un evento llamado "Desfile Dorado de las Momias Reales" . Este evento marcó la inauguración oficial del Museo Nacional de la Civilización Egipcia.
La sala permanente (principal): alberga numerosas exhibiciones, diseñadas para ofrecer el desarrollo de la civilización egipcia y la cultura tradicional egipcia desde el periodo prehistórico, pasando por el faraónico, grecorromano, hasta el Egipto actual.
La sala de las Momias Reales: esta sala está especialmente diseñada para exhibir las 22 momias de los reyes y reinas antiguas, entre las momias más famosas están las de Hachepsut, Ramsés II, Tutmosis III, y Tiy.
Salas de exposiciones temporales y exposiciones sobre El Cairo moderno.
El Museo Nacional de la Civilización Egipcia incluye edificios de servicios, comerciales y recreativos, así como un centro de investigación para la ciencia de los materiales antiguos y la restauración.
